Převážná většina krystalů, zvláště těch nejvíce ceněných – diamantů, rubínů a safírů – pochází z roztavených hornin nebo magmatu. Magma se utváří tak, že intenzivní teplo zemského jádra taví horniny ve svrchním zemském plášti, v zemské kůře. Když magma tuhne a chladne, vytvářejí se symetrické trojrozměrné krystaly. Krystaly, jež se utvářejí velmi pomalu, vznikají pouze vzácně v jediném kontinuálním procesu. Mezi dvěmi po sobě jdoucími etapami formování mohou do krystalu vstoupit jemné bublinky tekutiny nebo plynu nebo i tenoučká vrstva pevného materiálu. Tyto tzv. „inkluze“ mohou přispívat ke kráse a jedinečnosti krystalu.
Magma, které chladne rychle a nemá dost času na vytvoření krystalů se přetváří na amorfní materiál, jako je např. obsidián.
Během chladnutí magmatu vznikají nejdříve takové krystaly, které mají nejvyšší bod tání a poměrně jednoduché chemické složení. Postupně se tak utvářejí různé minerály, až zbudou jen větší a složitější atomy a dochází ke vzniku složitějších krystalů.
Magma, které se dostane na zemský povrch jako láva chladne velmi rychle a vytváří amorfní materiál nebo horniny obsahující droboučké krystaly. Takové horniny se nazývají vulkanické ( extruzivní ), jejich běžným představitelem je čedič.
Magma zadržené pod povrchem tuhne pomaleji, vznikají hrubozrnné horniny s většími, viditelnými krystaly, které se označují jako hlubinné ( intruzivní ) a jejich nejběžnějším příkladem je žula, která se skládá převážně z křemene, živce a slídy.
Některé z nejkrásnějších krystalů, jako například křemen ( do skupiny křemene spadá křišťál, mléčný křemen, achát, ametyst, citrín, růženín, záhněda, avanturín, tygří oko, býčí oko, kočičí oko, sokolí oko a další ) se utvářejí z chemických látek rozpuštěných v roztocích uvnitř skalních dutin. Tady mají dostatek času i prostoru.
Voda rozpouští některé minerály na jejich základní ionty ( atomy s el. nábojem ), takže vzniká jejich vodní roztok. Nastanou-li vhodné časové a teplotní podmínky a je-li vhodné složení roztoku, stává se roztok přesyceným a začíná proces vysrážení krystalů. Čím je tento proces pozvolnější, tím větší a lépe formované krystaly vznikají.
Krystaly, které se srážejí z vodního roztoku, mohou buď narůstat ze svého jádra ven nebo naopak od povrchu směrem dovnitř. Achát ( jedna z modifikací křemene ) se může formovat tehdy, když do dutiny vytvořené bublinami plynu, uvězněnými v chladnoucím magmatu, prosakuje voda bohatá na křemík. Křemík se usazuje ve vrstvách na stěnách a krystal pomalu narůstá směrem do středu. U achátu, který není zcela vyplněný, často nacházíme v jeho dutině krystaly křemene.
Krystaly jsou stabilní pouze ve stálém a pro ně specifickém rozmezí podmínek. Změna fyzických a chemických podmínek může způsobit jejich formování do nového minerálu, který je ve změněném prostředí stabilnější. Modrý tyrkys se například formuje tehdy, když minerály bohaté na fosfor a hliník přijdou do kontaktu s kyselou vodou s velkým obsahem mědi.
Některé krystaly, pokud jsou podrobeny extrémním změnám tlaku a teploty, jež přeskupí jejich atomy, mohou rekrystalizovat i ve svém pevném stavu, aniž by došlo k tání krystalu. Příkladem může být metamorfóza vápence v mramor nebo lupek, který se mění ve slídnatou břidlici bohatou na granáty. Čím pestřejší je složení minerálů původní horniny, tím větší je různorodost krystalů, které mohou vznikat.